Dunia telah dilanda perang putus asa selama tiga dekade melawan BETA—spesies alien yang menginvasi planet ini pada tahun 1973. Di tengah kekacauan ini, seorang siswa sekolah menengah bernama Takeru Shirogane tiba-tiba terbangun dari mimpi buruk yang menakutkan di mana dia adalah umat manusia. dalam kekalahan total. Segera setelah itu, dia menyadari bahwa mimpinya tidak lebih dari ingatan hidupnya di alam semesta alternatif. Dalam ingatan itu, proyek Alternatif V dilaksanakan, mengirim ratusan ribu orang ke luar angkasa sebagai upaya terakhir untuk melestarikan umat manusia, sementara meninggalkan miliaran yang tersisa di Bumi mengalami nasib yang kejam.
Kerinduan untuk mengubah masa depan yang suram ini, Takeru bergabung dengan pangkalan militer di Yokohama, yang kebetulan adalah bekas sekolah menengahnya. Di sana, dia berhasil meyakinkan wakil komandan pangkalan dan pemimpin proyek Alternatif IV, Profesor Yuuko Kouzuki , untuk mencegah Alternatif V terjadi. Untuk memastikan keberhasilan Alternatif IV, Takeru harus mengemudikan mesin humanoid raksasa Tactical Surface Fighters (TSF) bersama rekan-rekan kadetnya. Namun, dia hanya memiliki waktu dua bulan untuk menyelesaikan pelatihannya dan memanfaatkan sebagian pengetahuannya masa depan—jangan sampai tragedi berikutnya terjadi.
