Setelah pembunuhan ayahnya, Ryuuko Matoi telah mengembara untuk mencari pembunuhnya. Mengikuti petunjuk satu-satunya—separuh dari penemuannya yang hilang, Pisau Gunting—ia tiba di Akademi Honnouji yang bergengsi, sekolah menengah yang tidak seperti sekolah lainnya Akademi ini diperintah oleh Satsuki Kiryuuin, ketua OSIS yang mengesankan dan berhati dingin, bersama bawahannya yang kuat, Elite Four. Dalam hierarki kompetitif sekolah yang brutal, Satsuki menganugerahkan “Seragam” khusus kepada mereka yang berada di puncak. ; yang memberikan pemakainya kemampuan manusia super yang unik.
Benar-benar dipukuli dalam pertarungan melawan salah satu siswa berseragam, Ryuuko mundur ke rumahnya yang telah dihancurkan di mana dia menemukan Senketsu, “Kamui”, atau Pakaian Dewa yang langka dan hidup. Setelah bersentuhan dengan darah Ryuuko , Senketsu terbangun, menempel padanya dan memberinya kekuatan yang sangat besar. Sekarang, dipersenjatai dengan Senketsu dan Pisau Gunting, Ryuuko melawan Elite Four, berharap untuk mencapai Satsuki dan mengungkap pelaku di balik pembunuhan ayahnya sekali dan untuk semua.
