Puluhan tahun ke depan, umat manusia dikepung oleh ras alien yang dikenal sebagai Novas. Makhluk tidak manusiawi ini meninggalkan kehancuran di belakang mereka setiap kali mereka muncul, dengan upaya untuk mencegah mereka dikenal sebagai Nova Clashes. Wanita muda yang dikenal sebagai “Pandoras” dan pemuda yang dikenal sebagai “Pembatas” ditanamkan dengan stigmata untuk memberi mereka kekuatan super dan dilatih di akademi militer, di mana mereka harus belajar bekerja sama jika umat manusia ingin memiliki kesempatan untuk bertahan hidup.
Freezing menceritakan kisah Kazuya Aoi saat dia memulai hari pertamanya di akademi militer Genetika Barat, tepat saat battle royale dilakukan oleh Pandora. Di sinilah dia salah mengira Satellizer el Bridget— Pandora yang kuat yang dikenal sebagai “Ratu yang Tak Tersentuh”— sebagai saudara perempuannya yang sudah meninggal dan memeluknya. Meskipun dia mengorbankan pertandingannya, dia menemukan bahwa sentuhannya tidak membuatnya pergi dan memutuskan untuk menjadikannya sebagai Pembatasnya. bukan kemitraan mereka yang dapat bertahan intrik kakak kelas mereka dan pertempuran yang akan datang dengan Novas…
